Dziś uaktualniłem xorg-server do wersji 1.4.2. Plik xorg.conf pozostał ze starszej wersji co przyczyniło się do tego że po uruchomieniu X-ów nie działała ani myszka ani touchpad. Po poszukiwaniach dotarłem do bugzilli gentoo. Okazało się że opcja "CorePointer" powinna występować tylko raz, więc sekcja "ServerLayout" powinna wyglądać mniej więcej tak:

InputDevice    "Mouse0" "CorePointer"
InputDevice    "Keyboard0"
InputDevice    "TouchPad"

Może komuś się przyda.